首先，基因武器的传染性及杀伤力更强。例如，通过移植繁殖能力强的基因片段，可以将致命病菌的繁殖扩散力增加数倍；通过移植致病能力强的基因片段，可将致死率提高至100%左右。其次，基因武器隐蔽性极强。针对不同的军事目的、环境及攻击目标，使用者可以人为设计基因武器的潜伏期。
也就是说，人们可以把基因武器做成一种“定时炸弹”，并且“倒计时”最长可达十年之久。这是基因武器与传统生物武器、化学武器最主要的区别。
一旦基因武器投入使用，将使未来战争发生巨大变化：
——战争模式将发生变化。敌对双方可能在战前使用基因武器，使对方人员及生活环境遭到破坏，导致一个民族、一个国家丧失战斗力，在不流血中被征服。
——军队编制体制结构将发生变化。战斗部队将减少，而卫生勤务保障部队则大量增加。
——战略武器与战术武器将融为一体。未来战场将成为无形战场，使战场情况难以掌握和控制，给军事防御和军事医学研究带来新课题、新挑战。
