由于基因武器是“剪”出来的新病毒、新细菌，遗传密码只有设计者才知道，对方很难及时破译并研制出新的疫苗与之对抗。即使更新了疫苗库，仍有源源不断的新的基因武器“整装待发”。研制疫苗的速度必定赶不上“投毒”的速度，这样一明一暗的“较量”，显然对防守的一方极为不利。
特别是随着基因组学的迅速发展，越来越多的致病微生物的完整基因序列已被发现，这些微生物可能都是引发“生化危机”的始作俑者。只要找到基因密码的突破口，就很容易将它们改造成杀伤力巨大的“生物原子弹”。
不动一兵一卒达成军事目的
与传统生物武器一样，基因武器具有体积小、造价低、不破坏非生命物质等特点。使用者不必兴师动众，只要通过人工、飞机、导弹等运载方式将基因武器投放到敌方区域，就能达成军事目的。显然，基因武器具有很多传统生物武器不可比拟的优势。
