但此时国际形势发生了变化，中美已不通航，赵忠尧本人的回国遇到了难以想象的困难。直到1950年8月，他才侥幸获得一份过境香港的签证，1950年8月29日，赵忠尧和钱学森、邓稼先等100多名留美学者一起，登上了美国的“威尔逊总统号”。
正要启航时，美国联邦调查局的特工突然上船搜查。钱学森800多公斤重的书籍和笔记本被扣留，钱学森本人被指为“间谍”，被押送到特米那岛上关了起来。
赵忠尧竟侥幸被放行了，可当轮船开到日本横滨时，显然美国特工已经反过神来：抓钱学森，是因为他一个人顶五个师军力，而这个叫赵忠尧的中国人，辗转在美国最顶级的四个核物理实验室混迹了四年之久，他究竟能顶五个师还是十个师已经不好估算了！
就这样，美军武装人员气势汹汹地冲上船，抓走赵忠尧，将他押进了美军在日本的巢鸭军事监狱。
台湾驻日代表团派了3个人，软硬兼施，要把赵忠尧等人带到台湾去，有一次甚至让他面对一堵墙站好，美国宪兵在他背后拉枪栓进行威胁：如不承认“罪行”，坚持不到台湾去“洗心革面”，就枪毙他们。
