他急忙帮方舟科技找钱、找政府，找任何他能找到的资源，而他从来就没有考虑过自己的利益，完完全全的零股份。之后在他的努力下，2001年，方舟1号横空出世，媒体惊呼：“改写了中国‘无芯’的历史。”他们的项目也成了政府支持的重点项目。然而谁能料到，开始是辉煌的，结局却是无比地惨淡！
有做CPU的技术了，政府也给了支持，芯片也做出来了，可他找遍整个中国，居然都没有一家公司有能力，基于一块CPU开发产品原型。他们捧着中国芯，捧着CPU，想把它献给国人，中国却没有一家企业能接。无奈之下，方舟科技又建立硬件团队，自己做产品原型，结果原型做完，又发现没有配套软件可用，更令人头疼的是缺钱。“方舟3号”研发经费拨款1538万元，按照“863课题”的项目预算要求，给科研人员的工资部分不得超过15%，约230万元，也就是说，方舟科技参与研发的近60位工程人员，每月工资也就2千多块钱。而微软一年研发能投入1000亿人民币。他们哭诉钱太少了，连发工资都不够，结果有专家还嘲笑他们说：芯片项目资金，主要用在流片和EDA工具上面，人员工资只是小头。最终在种种阻碍下，国家重点支持的项目彻底失败了，倪光南也沦为了人们眼中的笑柄。
可他还是没有灰心，他又不遗余力地到处奔走呼吁。从1995年离开联想后，他就开始不停地跟人们强调，中国要发展IT核心技术，特别是自主操作系统和国产CPU，这关系到信息安全，也关系到产业持续发展的问题。他说：
