任何事情都有利有弊。随着时间的推移，由“百团大战”引起的一些不利因素，就渐渐显露出来。战役暴露了我八路军的实力，使日军从华东、华中增调几个师团，加强了对华北抗日根据地的进攻，并实行疯狂的报复。再则我方军民在战役中的损失也不可小觑。
毛泽东的考虑显然更高一筹，他不但看到了上述的几个不利方面，还特别注意到一点，就是百团大战的计划虽呈报中央军委，但未等中央军委批准，就提早十多天发起行动。这在毛泽东的心目中，就有一个组织原则的严峻问题。
毛泽东在这一时期的对日作战战略，依然是以“独立自主山地游击战”为主，也不排除“有利条件下的运动战”，这与他注重保存我军实力，立于不败之地的思想是一致的。以几近倾其家底的兵力，投入这么大规模的运动战，这是毛泽东很不希望的。
毛泽东后来深深地意识到：如果彭德怀不那么性急，再傲上半年左右的时间，或等到日军兵力更为分散时，举行这个百团大战，其战果、意义将大得多，我方的损失则要小得多。毛泽东不由对彭德怀发动这一战役的动机，发生了某种怀疑，认为彭意在树立、抬高自已的威望。
