台湾抗美就是立功。希望台湾的小三角（指蒋介石、陈诚、蒋经国）团结起来，最好是一个当总统，一个当行政院长，一个将来当副院长。”毛泽东在这里明确了台湾“高度自治”的权限，即允许保留军队，原有的政治、经济体制和权力架构。
10月13日，福建前线电台广播了毛泽东起草的《中华人民共和国国防部长命令》，宣布“从本日起，再停两星期，借以观察敌方动态，并使金门军民同胞得到充分补给”，同时指出“这是民族大义”，“是为了对付美国人的”。10月25日，毛泽东以国防部长彭德怀名义发表了《再告台湾同胞书》，揭露美国插手台湾的目的，提醒台湾当局当心美国人的毒计；规劝台湾当局，不可屈服美国人的压力。毛泽东同时宣布“逢双日不打金门的飞机场、料罗湾的码头、海滩和船只……以利你们长期固守”。这样，对金门“打单不打双”的局面，一直延续到1979年1月1日。
毛泽东亲自撰写以国防部长彭德怀名义发表的3个文告，揭露了美国的侵略行径和阴谋，划清了中美两国之间与国共两党之间的界限，在台、澎、金、马军民中引起强烈的反响，加深了美蒋之间的矛盾。通过有条件暂停炮击和无条件隔日炮击的行动，抵制了美国胁迫台湾当局从金、马撤兵，隔离台湾，制造“两个中国”的图谋。持续两个多月的紧张局势，也开始松弛下来。
金门炮战中蒋介石反对把金门、马祖与台湾岛割裂开来，坚持“一个中国”的立场，在很大程度上与毛泽东达到了“共鸣”，并受到了毛泽东的赞许。1959年2月初，毛泽东在一次对省市委书记的讲话中谈到了国共两党秘密接触的情况。他说：“台湾是蒋介石当‘总统’好？还是胡适好？还是陈诚好？还是蒋介石好。但是国际活动场合，有他我们就不去，至于当‘总统’，还是他好。”“让他（按：蒋介石）去搞特务，搞三民主义，历史上凡是不应当否定的，都要作恰当的估计，不能否定一切，否定一切的结果，都毁了自己。”2月27日，毛泽东在会见外宾时说：“现在我们又讲跟蒋介石合作，他（按：蒋介石）说不干，我们说要。合作共同反美，他不敢，我们说有一天美国要整他，总会有一天美国要承认我们的，丢掉他。蒋介石懂得这一点。我们搞第三次合作，他通过秘密的间接的方法跟我们联系，公开不敢，怕美国，而我们不怕。”毛泽东还说，我们同台湾，谁也离不开谁，就像《长恨歌》中所说的：“在天愿作比翼鸟，在地愿为连理枝。”蒋介石把枝连着美国，而美国却连根都要挖掉。9月15日，毛泽东在民主党派负责人座谈会上说：“蒋介石不做‘总统’，这个我们也不赞成的。……是蒋介石做‘总统’好，还是别人做‘总统’比较好？在目前看，还是蒋介石比较好。”
