在毛泽东的亲自指挥下，8月23日至9月3日，解放军用炮火封锁了金门，拿下金门指日可待。正在此时，毛泽东突然下达命令：前线各部队从9月4日起停止炮击金门3天。这一决定令国内外大为费解。时任福州军区司令员的叶飞在回忆录中说：“毛主席决定不拿下金门，现在看来有一个很重要的原因，就是要留下一个对话的渠道。”
金门炮战爆发伊始，美国态度强硬，声称要介入“台海危机”，但其实际行动只是为国民党向金门运送补给的船队“护航”。为避免卷入中国内战，美舰护航仅到金门3海里以外，空军并不介入。然而，解放军猛烈的炮火使其补给船队屡遭重创，美国“护航”行动连遭失败。美国先是呼吁停火，然后逼迫蒋介石从金、马撤军。
美国此举，一是摆脱自己进退维谷的被动局面，二是斩断蒋介石与大陆联系的纽带，以便实行“两个中国”、“一中一台”的图谋。但蒋介石予以坚决抵制，断然拒绝了美国提出的“撤退金、马”的建议，美蒋矛盾激化。此时，毛泽东清楚地意识到美国逼蒋放弃金、马的意图，重新考虑了立即解决金、马问题的利弊。为反对美国分离台湾、制造“两个中国”，将金、马留在台湾当局手中，更符合国共两党“一个中国”的共同利益。于是，党中央和毛泽东作出了暂不收复金、马的新决策。
8月27日，对毛泽东意图不知情的解放军总政治部以前线指挥部的名义连续广播一篇广播稿，提到“对金门的登陆进攻已经迫在眉睫”，引起了海外媒体的高度关注。9月1日，毛泽东从外电中得知这一情况，对总政治部提出了严厉的批评。他责成中央军委起草了《对台湾和沿海蒋占岛屿军事斗争的指示》，9月3日经他审阅修改后下发，其中提出：“台湾和沿海蒋占岛屿问题的全部、彻底解决，不是短时间的事，而是一种持久的斗争，我们必须有长期的打算。”这说明毛泽东对台湾问题长久性的充分估计。
