之前，香港大学校长徐立之放弃续约，港大用了两年时间物色接班人，结果在2013年9月30日，香港大学校长遴选委员会建议马斐森为第十五任校长唯一候选人，击败参与竞逐的香港学者，一致通过马斐森的校长任命，成为香港大学41年来首位非华人校长。
然而，就在这位当上校长不到一年的时间，香港非法“占中”就爆发了。面对非法“占中”，他不但不阻止，还去现场给“占中”学生鼓劲。接下来，在处置“占中”学生是，他也是百般阻挠。
虽然，当时他任校长还不到一年，但恰恰就在这个时候他却扮演了占中的怂恿着角色，不得不让人怀疑他来的目的到底是什么？到底是谁运作他当了港大校长？
2017年1月底，马斐森离任赴英国爱丁堡大学任校长。港大教师及职员会就马斐森的表现访问609名教职员，调查发现，受访者一面倒批评马斐森的表现，更有港大教师团体负责人指马斐森是历来表现最差的港大校长，其言行非常不负责任，“教坏学生”。事实上，虽然马斐森只干了三年多港大校长，却惹出不少事。
