美国企业研究所亚洲问题专家迈克尔·奥斯林指出，“马来西亚不是美国的正式盟友。美国与马来西亚的关系在纳吉布政府期间得到了加强。”
在军事上，美国与马来西亚一直加紧进行秘密合作。美国和马来西亚一直在秘密商讨让美国巡逻机更多使用马来西亚领土对南中国海进行巡逻，作为对中国增加在这一有争议水域的活动的回应。
美国国防部高官说，继近几个月中国军舰频频进入马来西亚水域后，美国和马来西亚之间的会谈增加了。美方一直在对马来西亚政府施压，要求它允许美海军P-8和P-3C海上巡逻机从马来西亚的机场起飞，对中国政府在南中国海建人工岛的区域进行巡逻。
2014秋天，美海军作战部长乔纳森·格林纳特说：“最近马来西亚人主动向我们提出，从马来西亚东部起飞P-8巡逻机分队。”美国《纽约时报》称，该计划可能会“激怒”中国。
马来西亚政府对披露任何有关它与美国开展防务合作的事宜都非常谨慎。美国战略与国际问题研究中心的欧内斯特·鲍尔说：“美国和马来西亚之间的安全合作非常低调、非常深入地进行了很长一段时间。马来西亚人非常担心中国的行动。”
3、情报上，美国长期监控马来西亚
早在布什总统时期，经过布什总统的批准，拉姆斯菲尔德指示军方在马来西亚以及其他面临恐怖威胁的国家实施境外情报任务。国防情报局还开始向海外派遣“战略支持小组”为作战部队提供情报。作为国防部长，拉姆斯菲尔德不惜以牺牲中央情报局这样的民事机构来寻求扩大军事情报的作用，从而引发很大的争议。他的两个最受争议的改革是利用美国特种部队直接进行情报收集，成立 负责情报的助理国防部长办公室。
