台湾声称该航线有侵害我“国”空防的疑虑。
陆委会强调，飞航安全是国际社会首重的基本要求，中国大陆在未经两岸沟通即启用相关航路，且在同一天同时启动四条航路，不仅违反2015年3月空运小两会达成的协商结果，而且是刻意以民航包装对台政治、乃至军事的不当企图，也有改变台海现状的疑虑。因此，政府严肃看待此一影响两岸关系及飞航安全的事件，并已向对岸表达强烈的不满与抗议。
陆委会说，2015年双方沟通时，对岸一再保证M503航路仅北向南单向飞行、W航路不启用，何时启用将在沟通后确认。惟对岸在未经双方协商下迳行启用，是完全没有遵守国际民航规范、罔顾飞安与不尊重台湾的草率做法；我政府呼吁各方勿使用此安全尚有严重疑虑的航路。
同时，我方（台方）已要求对岸必须立即停止相关飞航行动，并尽速协调双方飞航单位启动沟通，以确保飞航安全及民众福祉，如陆方一意孤行，将必须承担任何影响两岸关系的严重后果。
蔡英文1月5日用英文发文指，稳定的两岸关系对于区域的间安定至关重要，中国近期频繁地军事活动，以及启用M503航线等单方面行动，并无助于区域稳定，应该避免。台湾也将持续维护现状，更呼吁各方共同携手努力。
