在入伍整整30年后，房峰辉于1998年晋升少将军衔，1999年成为兰州军区第21集团军军长。这是他军旅生涯的一个转折点，此后4年多集团军军长职务的历练，丰富了他从全局角度指挥带领部队的经验。
在担任第21集团军军长时，《解放军报》曾报道说房峰辉是个电子发烧友，坚持订阅《无线电》杂志20多年，后来又订阅了《电脑世界》。据说，他最大的乐趣就是钻进电脑房，研究开发军事指挥的新软件，曾在《国防》杂志发表文章《信息化条件下民兵配合部队应急作战问题研究》，还主编过《科技练兵的聚集点》一书。
2003年12月，房峰辉从大西北来到东南沿海地区，从第21集团军所属的兰州军区，跨大区担任广州军区参谋长，成为大军区的副职将领。在广州军区，他遇到了工作上的搭档张阳。张阳于第二年担任广州军区政治部主任，两人搭班共事3年时间。
2005年，房峰辉晋升中将军衔。两年后，年仅56岁的他接替到龄退役的朱启上将，成为原北京军区的第十二位司令员，是“文革”结束后历任北京军区司令员中最年轻的，也是当时七大军区司令员中最年轻的。随后，张阳也晋升大军区正职，担任广州军区政治委员、军区党委书记。两人同龄，同一个班子里出来，又几乎同时得到提拔，在当时颇受关注。
