1992年，刘源接到中央命令，出任中国人民解放军武装警察部队水电指挥部政委。这个工作变动也似与邓小平有关。刘源在纪念杨尚昆一文中提到，“1991年，杨爸爸主动对我说，小平叔叔几次讲过军队与地方的干部要互相交流。当时，我并没有意识到什么。不久，中央调我到武警水电部队。”
走之前，刘源完成了两件心事：一是在他父亲逝世的地方——开封市北土街10号的一所旧银行宅院，立上一块大理石纪念碑，由当时担任国家主席的杨尚昆亲笔题写了“刘少奇主席逝世处”的碑铭；二是联络当年和他一起在山西插队的20多名知青和部分企业家，捐资80万，在村里建立了一所希望小学，王光美亲笔题写了富有深意的“雁杰小学”的校名。
刘源在军界发展顺畅。1992年被授予少将警衔，八年后晋升中将警衔。2003年任中国人民解放军总后勤部副政委，中将军衔。2005年任军事科学院政委。
是非后人断
去年9月，刘源在军事科学院党委会议上与大家谈心，讲了这样一件往事：“四人帮”被判刑后，王光美听说了李讷身患重病、生活几乎不能自理的消息，不知被一种什么力量驱使，身体仍很虚弱的她却又带着老保姆，经常去李讷家中帮助料理，并把李讷七八岁的儿子小芝芝带出去玩。黄峥说，刘源很注意使刘家与毛家保持很好的关系。几年前有报道说，王光美主动把毛家的人，和刘家的几个子女召集在一起，吃饭、聊天。“其实，这个事情的主导是刘源。”
