前往南海需要冒相当大的风险，舰队中不少官兵顾虑重重。但林遵坚持认为：收复南海主权关系到中国在国际上的声誉，必须克服困难，在限期内完成任务。
经反复研究论证，林遵决定将舰队兵分两路，由他亲率太平、中业两舰进驻南沙群岛的最大岛屿太平岛（长岛），副指挥官姚汝钰率中建、兴业两舰进驻西沙群岛的最大岛屿永兴岛（林岛）。
1946年11月8日，舰队顺利到达海南岛榆林港。林遵一面命令各舰补充淡水食物，一面寻觅当地熟悉海情的渔民了解西沙、南沙群岛的详细情况。
幸运的是，海南一些渔民听说中国要收复西南沙，纷纷拿出世代相传的《更路簿》。上面不仅记录了他们在西南沙群岛盖房建庙、挖井积水、垦荒种植、耕海牧渔的情况，更给收复舰队提供了大量宝贵的航行资料和航海图。
两天后，随着林遵的一声令下，舰队起锚出海。“不料舰队刚驶出港口10多海里，海面上突然狂风大作，小山似的巨浪把舰艇一会儿抛上浪头，一会儿又狠狠地摔进低谷。惊涛骇浪中，中业、中建两舰横摇至30度，大有倾覆之险。雪上加霜的是，舰队旗舰——排水量1430吨的太平舰发动机出现故障，难以远航。”林华卿介绍说，出于安全考虑，她父亲只得下令舰队返航，等待天气转好。
“南海就像泼辣妇人的脸，说翻就翻，毫不留情。”似乎为了印证这句流行着海南渔民口中的谚语，舰队第二次出海时，天气又从风平浪静瞬间变成狂风暴雨。
舰队这次没有妥协，与狂风恶浪整整搏斗了一天，艰难前行近百海里。这时，黑压压云层笼罩在无边无际的大海上，刚刚率舰横渡太平洋的林遵敏锐地意识到，这很可能是台风的前兆，如果继续前行，可能舰毁人亡，于是果断下令返航。
两次无功而返并没有动摇林遵收复南海主权的决心。为稳妥起见，他命令姚汝钰率永兴、中建两舰于11月23日趁风浪稍减之机，先行出航。这一次出航，却出奇的顺利。
