特朗普在声明中特别提到，包括第1259条在内，共11个附带条款，可能涉及主导美国对外军事及外交事务上的立场，一些“特定案例”还指导国际外交事务的进行；行政部门看待这些条款，要能与总统作为三军统帅、享有《宪法》赋予的专属权一致，而总统作为国家在外交事务上的唯一代表，将决定对哪些外国主权国家的相关条款予以执行承认，进行美国的外交事务。
这也引发外界对于特朗普政府是否不考虑执行让“美台军舰互访停靠”的分析。前“美国在台协会”(AIT)台北办事处处长包道格(Douglas Paal)认为，对美国行政部门而言，当然会小心谨慎看待《国防授权法》中相关立法的“言词规劝”，而行政部门才是外交事务的主事者，这是美国《宪法》赋予总统的专属权。
就这方面来说，他认为，行政部门在考量立法部门送来法案中的倡议时，还要对美国的外交政策有整体考量，“这包括(对)中国(的政策)在内”，而美国很久前就同意要“终止与台湾的官方关系”，维持所谓的“实质联系”。
前“美国在台协会主席”卜睿哲(Richard Bush)认为，“美台军舰互访停靠”是这项法案中最敏感的议题，而法案附带决议本来就是“国会意见”，没有强制要求特朗普必须执行。
《环时》刊登中国人民大学国际关系学院教授、副院长金灿荣的文章指出，美国要打台湾牌，“台独”势力因为心急而动作增多，这些都是“武统”警告的深层背景。大陆实现国家统一的决心毋庸置疑，虽然始终坚持和平统一是优先选择，但也从未放弃以强力手段解决台湾问题的选项。大陆已经实现工业化，这是当今世界最重要和最伟大的一个事实，也奠定了大陆粉碎“台独”的强大实力。无论美国还是台湾当局，都应充分认识中国的决心、信心以及实力，不要固执推动“台独”议程而让大陆的警告变成现实。
