面对铁证如山的犯罪事实，当年日本高层一些人虽然也承认在南京有过“暴行”，却将其淡化并推卸责任。南京大屠杀时任“华中方面军”司令官的松井石根大将在远东国际军事法庭受审时推说，攻城时他卧病在苏州，12月17日才到南京参加“入城式”。松井石根还假装慈悲地称，入城时才知道有杀戮和强奸行为，曾难过得流着眼泪召集各师团长说： “皇军的威望因士兵们的暴行而败坏殆尽。”法庭质问松井为何不制止时，他回答说派出过二十几个宪兵维持军纪，这明显是诡辩，同时也是把责任推给“士兵”。
侵华战争后期任“支那派遣军” 总司令的冈村宁次大将在回忆录中称，1938年7月奉调赴华中任第11军司令官前，“在东京就对南京攻略战时的大暴行有所耳闻”。他在上海登岸后了解到， “攻略南京时，对数万市民的抢劫强奸等的大暴行确属事实”(注：这大大缩小了数字且并未提“屠杀”一词)。不过，冈村宁次也只把“暴行”发生归咎于“军纪”，并说“第一线部队以给养困难为名杀掉俘虏实有弊病”。
上世纪70年代日本防卫厅组织旧军人编写的《支那事变陆军作战史》中有关攻占南京的一章中，更是轻描淡写地称日军在长江边射杀过部分俘虏，表示是因管束不力造成。
