如果进行细分，目前完工的10多艘039B型还可分为039BI/II/III(III型也有说法是039C)三种。早期建造的BI型，除能够兼容更多武器装备之外，在艇载设备上和039A相差不多，但指挥台围壳外形有明显变化，其前缘进行了圆角修形。通过对斯特林发动机改进等手段，全艇静音性能也有提高。
后续建造的BII型外形和BI基本没有区别，但在内部设备上有了诸多改进，特别是其水声(对抗)系统和武器系统和当时已经技术成熟的093型核潜艇基本相同，艇载作战指挥系统也是093型使用的简化版。目前BI型和BII型已经至少服役8艘，2014年，一艘BII艇还接待了美海军部长格林纳特。
039BIII型(或者叫039C)首艇于2014年年初曝光，围壳外形有明显改变，其根部的圆滑填角设计有点类似德国212型潜艇但没那么极端。这种设计有助于降低水下高速航行的噪音性能，不过除非航速确实高，否则类似212型那样过于极端的做法除了给建造工艺造成麻烦之外，实际效费比并不高。039A/B型是除了032型试验潜艇之外，中国海军排水量最大的常规潜艇。其水面排水量2650吨，水下排水量将近4000吨。
其水滴形艇体和肩部鱼雷发射管布局为艇艏半球形声呐基阵留下充足的空间。另外其艇体下部还安装了舷侧线列阵声呐，其整体探测性能在中国海军常规潜艇中首屈一指。039A/B型的6个鱼雷发射管可以发射鱼-6系列重型线导两用鱼雷(改进型具备尾流自导修正模式)，也能兼容较老的鱼-4B主被动声自导反舰鱼雷，和039型一样可以使用鹰击-82/84型潜射反舰导弹。
