下午13时左右，6名巡逻艇上的日方保安官强行登上中国的渔船，迫使“闽晋渔5179号”停止行驶。其后海上保安总部派出22名海上保安官，登上中国渔船，以涉嫌违反《渔业法》为由对“闽晋渔5179号”进行了搜查。
7日上午发生撞船事件后，我国被撞渔船“闽晋渔5179号”遭到日方扣押。日方于8日凌晨1点左右下达逮捕令，并于2点将船长逮捕。据悉，这名中国渔船船长叫詹其雄，2010时年41岁。2010年9月13日，在琉球石垣港，被日方扣押的我国渔船船员从日本海上保安厅巡逻船上走下，准备坐车前往石垣机场，乘国内来的包机返回祖国。日本当地时间13日上午，日本海上保安厅释放了7日非法抓扣的14名中国船员。释放原因是考虑到与中国之间的关系等方面原因，做出了处分保留的决定。（注：处分保留，日本法律中现阶段证据不足无法认定有罪情况下进行处分保留，拘留中的嫌疑人会即时释放，在获得有效证据后有可能再次被起诉）外交部回应：中国政府将派包机接回被扣押船长问：据报道，日方不得不放还船长詹其雄，请问中方对此有何评论？答：中国政府将派包机接回被日方非法扣押的詹其雄船长。我重申，日方对中方船长进行的任何形式的所谓司法程序都是非法和无效的。
