但是，实现两岸统一历来面临巨大的挑战，在此也不妨一一列出。
第一，来自国民党之“党国”的挑战。国民党之“党国”历来将自己视为中国的正统，它过去是主张统一的，有武力统一，口号是“反攻大陆”；有政治统一，口号是“三民主义统一中国”。马英九当政后提出了“三不”主义，即“不统、不独、不武”，把统一问题搁置了起来。
后来虽然有了“新三不主义”，即：不去推动“两个中国”，不会推动“一中一台”，不会推动“台湾独立”，但统一的话题莫再提起，事实上等于搁置了起来。总之，国民党的“党国”骨子里是排斥与共产党大陆统一的，如果国民党愿意统一，两岸统一问题将迎刃而解；如果国民党抱着以托待变的侥幸心理，两岸统一仍然缺少起码的政治基础。
第二，来自美国的挑战。冷战时期，台湾是美国在远东不沉的航空母舰，是对付中国的前沿战略基地。现在，美国“重返亚太”了，台湾注定要重新成为美国新一轮战略经营的重点，部署铺路爪预警雷达已经对此作了诠释。站在美国的立场上看，即使美国无法有效地利用台湾的战略价值，但也绝不想让大陆得到台湾的一切，否则，就是美国的战略大失败。这大概是美国的战略底线。
第三，来自日本的挑战。日本对台湾历来包藏祸心，日本政坛及社会正在急剧右转，照此趋势，今后日本将越来越明目张胆地介入台海两岸事务，给两岸统一设置障碍、挖掘陷阱，用各种办法阻碍统一，未来甚至有可能用军事介入的手段进行阻扰。
第四，来自台独势力的挑战。台独势力是台湾岛内不可小觑的政治力量，一直冻而不僵，屡遭重创都能恢复元气。就台独本身而言，如果仅仅就是它自已挑战统一，无异于螳臂当车，但如果这个小团体被外来势力利用起来，彼此沆瀣一气，则必成统一的大敌恶患，对此任何人都不能掉以轻心。
