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领导“一二·九” 运动被清华解聘,与蒋介石矛盾日深
1935年冬,张申府与刘清扬、姚克广(姚依林)、孙荪荃(时任女一中校长,后来嫁给了另一位传奇人物中共的创党元老谭平山)等共同发动和领导了北平的“一二·九”学潮,张申府是游行总指挥之一。当时的政府于1936年2月将张申府、刘清扬同时逮捕,将他们关在安定门内的陆军监狱。两个月后,才由冯玉祥保释出狱。出狱之后,张申府又讲了几个月的课,到暑假时,清华大学囿于当局压力把张申府解聘了。
1936年1月,北平文化界救国会(民盟的前身,救国会另几位主要领导人是沈钧儒、章乃器、邹韬奋)成立,张申府被推选为大会主席团成员和救国会的执行委员,后又担任华北各界救国会的负责人,是爱国进步教授中一位活跃的较有影响的代表。
张申府离开共产党之后还追随邓演达。为继续贯彻孙中山“联俄、联共、扶助农工”的三大政策,他与邓演达、章伯钧、黄琪翔共同在上海创建了中国国民党临时行动委员会(今日我国八个民主党派之一的中国农工民主党之前身),人称第三党。
1938年7月,国民党在汉口召开了国民参政会一届一次大会,张申府与“救国会”的沈钧儒等6人被聘为第一届参政员。张申府为参政员,与蒋介石矛盾日深,蒋介石有一次当面骂他,说他“反对政府”,“你不但写文章反对政府,还在防空洞里反对政府!”并表示是有人在防空洞里亲耳听到的。
张申府气愤地说,自己根本不认识这个人,纯属无中生有。
张申府因为平白无故挨了蒋介石的一通骂,怒气难平,就提出要离开重庆去打游击。政治部长张治中听说后,跑来一再慰留,他才留下了。自然,参政员是无法再当下去了。