此外，女知青还要忍受各地农村、边疆生产建设兵团里那些伸向她们的“黑手”。公开的资料显示。在当时各地农村、边疆生产建设兵团里糟蹋、残害女知青的现象非常严重，已经到了令人发指的地步。
当时一份新华社《情况反映》记载一些真实的案例：云南生产建设兵团的一个叫贾小山的营长，先后利用职权强奸女知青20余人；还有一个叫张国亮的连队指导员兽性大发，先后强奸女知青30多名；黑龙江生产建设兵团有个团长黄砚田、团参谋长李耀东分别利用职权强奸女知青50多人；内蒙生产建设兵团被奸污的喽啻？99人，罪犯中涉及有部队现役干部209人。各地农村公社、生产大队、生产队的干部涉及糟蹋、残害女知青的也为数不少…… 新华社《情况反映》所透露的，只是各地知青在基层接受“再教育”的种种负面情况的冰山一角。更多悲剧被掩埋在历史的角落，也许永远都不会被人知晓了。
新华社的报道被送到中央领导的手中。毛泽东愤然做出批示，“不杀不足以平民愤”。周总理怒不可遏地批示，“公安部要速派人去，不要手软！”李先念气愤地说：“这些人不是共产党，是国民党，至少是国民党行为，不知为什么得不到纠正？省委和军区难道说也不知道吗？”
在中央领导的过问下，在全国范围内开展了追查残害知青的行动。
文史作家邓鹏在《无声的群落——文革前上山下乡老知青回忆录》一书中写道，“云南某部队300多军人中竟有30多人被处理。黑龙江、内蒙等兵团的一大批高级将领被解除职务……我所下乡的地方虽不是建设兵团，却也查出了问题。我们乡的党委书记以谁满足他的要求，谁就可回城为诱，和乡里的多个女知青发生了关系，事情败露后，尽管他有一定的后台，但死罪免了，活罪难逃，去监狱关了好几年。”
