所有被押送到秦城监狱的犯人，首先要在一间小屋内接受检查，不适合带入牢房的东西，如鞋带等，都会被扣留。紧接着，他们会领到统一的黑色“制服”，以及生活必需品，如毛巾、脸盆、牙具、饭碗、手纸等。随后，管理人员带着他们进入相应的监区，移交给相应的负责人……
在秦城监狱的普通监区，犯人们住的通常是集体牢房；每人每月的伙食费为30元左右，需自备饭盒；到了吃饭时间，管理人员会通过专门的送饭窗口，将饭菜送进去；每天的正餐一般是“一菜一汤”，以及用米、面、粗粮混合做成的主食。而高级战犯们大多在高级监区，住的是单人牢房；每人每月的伙食费一般为120元左右；一日三餐中的正餐，大多为两荤一素一汤；由监狱统一配送饭盒，而且是开门送饭；每周一还能得到牛奶、水果之类的补品。
每天早上7点，犯人们听到哨声后起床，晚上9点听到哨声后准时睡觉。平时，即便是在白天，他们也不能躺在床上。晚上睡觉时，普通犯人的牢房不熄灯，他们不能背对着监视窗睡觉，也不能将手放到被子里，否则就会被叫醒接受训话。此外，犯人们不能大声喧哗，也不能乱写乱画、唱歌、做鬼脸等。
秦城监狱对犯人放风的时间也有严格规定。高级犯人每周都有1－6次单独放风的机会，每次20－60分钟。牢房外的平地上，有一个个用高墙隔成的方格。放风时，一名犯人在一个方格里活动，而看守则站在高处进行监视。
“四郎探母”事件
1960年10月，毛泽东在同美国著名作家斯诺谈话时说：“我们的监狱不是过去的监狱，我们的监狱其实是学校，也是工厂或者是农场。”国民党战犯进入秦城监狱后，互称“同学”，开始接受思想改造、劳动教育和学习互助。
