但随着民进党与党外势力扩大，所谓中国固有疆域以及外蒙主权的归属问题，成为民进党政治操作的重要议题。例如1993年，民进党立委就曾带头要求台湾 “司法院”大法官会议进行宪法解释，认为1949年后，中华民国未曾在大陆及外蒙行使领土主权，因此所谓中华民国的固有疆域不该属于中华民国的领土范围。
虽然最后此举被打了回票，但也可以看出民进党民代在此议题上有斧凿的痕迹。同时随着李登辉大打本土化议题，炒作废省等政治事件，有着浓厚大中国思想的《中华民国全图》，也的确越来越显得不合时宜。
尤其民进党上台后，国家观点更弦易张，终于由官方首度公开表示，将外蒙古自中华民国领土排除，认定外蒙古非中国“固有疆域”，同时公告修订《编印大陆地区地图注意事项》，明订“我国大陆地区与外蒙古之界线以‘国界’符号标示之”。形同认定外蒙古是一个独立国家。
民进党也宣称，为增强双边外交，加上中华民国实在没有理由再主张拥有外蒙主权，因此做此决定，而纠结数十年的外蒙古关系也至此底定。换句话说，国民党 长年以来营造国家疆域系秋海棠形状的认知，已经遭到民进党彻底打破，所谓中华民国的大陆地区疆域图，也因此向新中国的“老母鸡”看齐。
紧接着，为配合台湾全面废除管制出版事务的出版法，民进党也于2004年宣布，同步废止《水陆地图审查条例》，因此民间出版中华民国地图不用再送审， 所以台湾出版的地图出现了领土、统独各自表述的状况，放任不同政治立场发行者各自主张领土范围；相对地，也放松了《中华民国全图》需包含大陆地区疆域的限 制，营造出所谓台湾已然实质独立于中国之外的民间想象。
于此同时，民进党也宣布，未来不再出版官方版的《中华民国全图》，仅仅会印行四十万分之一比例尺的《台湾区全图》。接连的几个措施，等于在形式上否认了所谓中国大陆是中华民国领土的“大中国”概念主张。
