在行政建制上，秦城监狱自建成之日起，便隶属公安部十三局。其关押的对象按不同的时期也可分为三大类型：第一类人来自敌对阵营，他们是国共内战时战败被俘的国民党战犯，军衔至少在少将以上。随着逐批大赦，这部分人越来越少，到一九七五年最后一批离开为止，秦城监狱已经不再有战犯留存。

　　自上世纪90年代以来，秦城监狱关押的主要对象是省部级以上贪腐官员。原铁道部部长刘志军；前重庆副市长王立军；前中央政治局委员、原上海市委书记陈良宇；原北京市市长陈希同及江青等人均关押于此。

　　所有被押送到秦城监狱的犯人，首先要在一间小屋内接受检查，不适合带入牢房的东西，如鞋带等，都会被扣留。紧接着，他们会领到统一的黑色“制服”，以及生活必需品，如毛巾、脸盆、牙具、饭碗、手纸等。随后，管理人员带着他们进入相应的监区，移交给相应的负责人。

　　狱犯人按“级别”不同有单独和集体囚禁两种，“级别”划分一般是根据犯人在入狱前的官职，或案的程度而定。秦城监狱对犯人放风的时间也有严格规定。高级犯人每周都有1-6次单独放风的机会，每次20-60分钟。牢房外的平地上，有一个个用高墙隔成的方格。放风时，一名犯人在一个方格里活动，而看守则站在高处进行监视。