1980年2月26日，在度过了22年半的右派生涯后，黄万里终于获得了右派“改正的决定”。决定只有短短几行，称：“黄万里同志原划右派问题属于错划。经中共北京市委批准予以改正。恢复政治名誉，恢复高教二级教授的工资待遇。”

　　经历了20多年的冤屈镇压，黄万里仍没学会看政治风向表达学术观点。从上三峡大坝的消息传出后，黄万里就先后给众多国家领导人上书，不遗余力地反对在长江三峡上建大坝。

　　他认为：从自然地理观点，长江大坝拦截水沙流，阻碍江口苏北每年十万亩的造陆运动；淤塞重庆以上河槽，阻断航道，壅塞将漫延到泸州、合川以上，势必毁坏四 川坝田。目前测量底水输移率尚缺乏可靠的手段，河工模型动床试验在长期内长段落中尚欠合理基础，只可定性，不能定量，不足以推算长江长期堆积量。故此而 论， 长江三峡大坝永不可修 。如果是为了发电，可在云贵湘鄂赣各省非航道上建大中型电站，它们的单价低、工期短，经济效益比三峡大坝发电要大四倍以上。就流域经济规划而言，也应先修 四川盆地边缘山区之坝，如乌江电站等为宜。

　　此外，从国防的角度看，大坝建起来后无法确保不被敌袭，也很不安全。黄万里预言：“ 三峡高坝若修建，终将被迫炸掉。 ”同时，他还指出，公布的论证报告错误百出，必须悬崖勒马、重新审查，建议立即停止一切筹备工作，分专题公开讨论，不难得出正确的结论。

　　[1986年，中共中央、国务院决定对三峡工程进行论证，黄万里教授没有被邀请参加工程论证。黄万里数次给中央领导人和政治局，国务院总理、副总理、国家监 察部写信，痛述三峡工程的危害。要求中央决策层给他半个小时的时间，陈述为什么三峡工程永不可建的原因。但没有答复。

　　黄万里晚年病重昏迷中仍喃喃呼出：“三峡！三峡，三峡千万不能上！”2001年8月27日，他带着无尽的遗憾离开了人世。