1957年上半年，三门峡工程即将开工。黄万里在水文课堂上给同学们讲述了他对三门峡工程的看法，一是水库建成后很快将被泥沙淤积，结果是将下游可能的水 灾移到上游成为人为的必然的灾害。二是所谓“ 圣人出黄河清 ”的说法毫无根据。因为黄河下游河床的造床质为沙土，即使从水库放出的是清水，也要将河床中的沙土挟裹而下。在课堂上，他对“圣人出黄河清”的说法甚为不 屑，使人觉得这种说法实出于政治阿谀而缺乏起码的科学精神。

　　早在1956年5月，黄万里就向黄河流域规划委员会提出了《对于黄河三门峡水库现行规划方法的意见》。这篇文章刊于《中国水利》1957年第八期，并收入 了《三门峡水利枢纽讨论会资料汇编》（1958年4月水利电力部印）。意见书全面否定苏联专家关于三门峡水库的规划，而不是只在个别问题上持不同意见。 在反右期间，向一个党支部书记提意见就是“反党” 。指名道姓地说邓子恢副总理的报告“不正确”。光这一句话就够右派了。

　　1958年11月25日，三门峡工程开始黄河截流。1960年6月高坝筑至340米，开始拦洪，同年9月关闸蓄水拦沙，是年潼关以上渭河大淤，淹毁良田 80万亩，一个小城被迫撤离。库内的水位在涨，库区的农民一批批挥泪踏上离乡背井之路。这一切不几乎都在黄万里的预见中吗？其实，黄万里只是本着科学家的 良知，说出了关于黄河及泥沙与三门峡大坝问题的科学的真话，可是他被非民主决策击败了，他成了“反党反社会主义的右派分子”。

　　于是三门峡工程改建的“两洞四管”方案确立。改建的四条钢管于1966年7月投入运用，增建的两个隧洞分别于1967年8月、1968年8月建成，水库淤积开始减缓，排沙能力依然不足，潼关以上河床“翘尾巴”淤积还在继续。

　　事实虽证明真理在黄万里一边，但令人伤心的是，有些人反而迁怒于提出正确意见的黄万里。1961年，黄万里“奉命在密云劳动，与昌黎民工同居同食同劳，所居半自地下掘土筑成。”“文革”中更贬他到三门峡挖厕所以示惩罚。

　　三门峡工程的一切问题和灾难都按黄万里的预言来了。我们从这一重大失败中总结教训，可以使我们获得大量思想资源。但传统文化的惯性却导致一些人要隐瞒真相，歪曲事实，混淆是非，为自己、为大人物、为尊者，文过饰非。

　　六次上书中央谈三峡问题