民进党执政後，更加亲日，台日军事与情报交流更加密切，并趋於机制化。2003年1月，日本派专职军事人员驻进台北的「日台交流协会」，台则派「国安局」中将常驻日本，专责台日情报交流，揭开了台日互派高级军官加强情报交流的序幕。

　　尤其是每年10月双方固定在日本举行仪式「台日军事情报交流会议」，会期五天。情报交流与合作的重点就是关於中国大陆的军事情报，其分工则是台湾负责向日本提供解放军南海舰队与战机部署情报，日本则负责向台提供解放军东海、北海舰队情报。

　　尽管目前因日本强行将钓鱼岛「国有化」引发海峡两岸与日本的钓鱼岛争议，台湾撤回驻日代表，进而推迟台日军事情报交流会议，但这只是暂时的，风头过後台日还会继续推动台日军事情报交流，台日关系在某种程度上牵制着两岸关系的发展。

　　海峡两岸之间，不论是过去还是现在，从来没有军事情报方面的交流与合作，而且因政治对立，双方的情报战从没有停止过，尤其是台湾始终将大陆视为台湾的「最大威胁」，甚至将大陆针对「台独」的军事发展视为可能的「武力犯台」，而将美日视为保护台湾安全的依靠与盟友。

　　就此观察，在钓鱼岛争议问题上，要海峡两岸联合保钓，共同对付日本，显然是不现实的，是一种政治幻想。台湾当局的保钓策略是「争渔权重於护主权」，「护主 权」是虚，「争渔权」是实，因此才会对两岸联合保钓持公开反对立场，也从而给了日本在钓鱼岛问题上态度日益强硬的信心及要与台湾开展渔权谈判、以分化两岸 联合保钓的可能与机会。

　　台湾当局指拒绝两岸联合保钓，除了台日密切的准同盟关系外，背後还有美国对马当局的强大压力。美国表面上虽然乐见两岸关系和平发展与两岸良性互动，但在其重返亚太战略部署下，台湾在美国「以台制华」战略中的区域地位更加重要。