不过，在涉及南中国海领土的问题上，台湾政府不希望被排除在任何有关地区性领土的谈判之外。

台湾驻华盛顿代表沈吕巡上周接受美国媒体采访时称，任何有关该问题的国际会议都不能缺少台湾的参与。沈吕巡表示，有好几个岛在台湾的控制之下，不要以为台湾是无名小卒。他还称，大陆也不能代表台湾，因为台湾拥有太平岛和东沙岛。

台湾国安会(National Security Council)秘书长胡为真曾在2012年9月份与执政党国民党的一些官员前往太平岛视察，宣示台湾的立场。胡为真表示，台湾愿意与其他各方共同开发南中国海的自然资源，不过不会共享主权。

专家们指出，大部分大陆船只都会经过或接近该地区，因而若与大陆发生战争，台湾可以利用太平岛作为攻击潜水艇和飞机的基地。大陆希望统一台湾，并声称会在必要时使用武力。

为加强太平岛的防御准备，台湾在2013年耗资新台币34亿元（约1.1亿美元）整修跑道，并修建一个新码头，足以停靠护卫舰。此举引发菲律宾和越南的强烈反应。

由于台湾武装力量的规模和实力都在缩减，台湾避免在领土争端中威胁使用武力，置身于大陆与越南和菲律宾之间日益紧张的冲突之外。台北已经呼吁，各方在谈判桌上消除分歧，而不是通过武力。