1949年，国民党被中国共产党推翻后撤离大陆退守台湾。国民党在台湾重新建立了中华民国政府，并保留了中华民国的所有领土主张，其中包括南中国海。而在中国共产党在北京坐稳江山后，毛泽东也声称获得了中华民国的所有领土主张。

大陆政府目前使用的地图上就包括对南中国海的领土主张，而该地图最初是由国民党政府绘制的，这也是上述这段共同历史的一部分。

不过中国对南中国海的领土主张也引发了邻国的不安。现行地图上在南中国海周边划有“九段线”，这些线条形成的弧线靠近越南、菲律宾、马来西亚和文莱的海岸，而这些国家都声称对一些南中国海的岛屿拥有主权。

近几十年来，台湾经历了民主变革，多数台湾人只是偶尔会关注到南中国海主权的问题。去年，菲律宾海岸警卫队在靠近南中国海东部的吕颂海峡枪杀了一名台湾渔民。

台湾和菲律宾政府均声称事发地为自己的专属经济区。

台湾政府此前也曾强硬地对东中国海(East China Sea, 中国称东海)中日本和大陆存在争议的其他一些岛屿表达过领土主张。