长期以来，中国大陆方面一直主张钓鱼岛是属于台湾屿兰的外岛，但中国的台湾却把属于中国的钓鱼岛出卖了，中国的大陆又将怎么办？日本政府以渔权换主权，取得台湾不在主权方面的表态，如果台湾都不主张了，那么大陆方面的主张就不存在了。

马英九可谓阴毒之极，李敖曾这样评论马英九“很亲日、很危险。我不愿用那么两个字说他，说他是汉奸，可是干出来的事情很像汉奸” 。

马英九表面上“不统、不独、不武”，极力拉近两岸经贸关系，设法赚取大陆以让利为代价的实惠，滋养枯萎的台湾经济，为自己捞取政治资本；背地里崇美媚日，继续购买美国先进武器，防范大陆。

同时对日本频频献媚，极力讨好日本。两年前日本大地震，来自的台湾的捐款，比其它国家和地区捐款的总额还多。

在中日钓鱼岛之争难解难分之际，不但置身事外，还不止一次的宣称“台湾无意与大陆联手”，意在消除日本后顾之忧，放心与中国大陆一搏。《台日渔业协议》源于李登辉炮制、陈水扁推进都未能办成的事，十七年后让马英九促成了。

可见马英九的隐独倾向与急独的李登辉、陈水扁有过之而无不及。另外，马英九此举有转移岛内对其批判的嫌疑。

马英九历来以清廉示人，前段时间马英九团队连续遭蓝营大将林益世、李朝卿受贿案重击，更糟糕的是，日前，他的重要幕僚赖素如受贿案，在台湾掀起重大政治风波。在马英九备受岛内媒体与民众质疑的时刻，加快完成与日协商钓鱼岛渔权进程可为台湾民众带来诱惑的利益，不失为转移马英九清廉危机的选择，可谓一石二鸟。