鉴于有群众被“东突”分子裹挟在里头，克孜勒苏柯尔克孜自治州和阿克陶县立即派领导前去制止说服，但那些人置之不理。当州公安局长带领62名武警前去维持秩序时，居然在乡政府门外遭到围攻，5名前去执行任务的干警被扣为人质。接着，“东突”骨干分子和被他们煽动起来的不明真相的群众，开始向乡政府的院子里扔石头，两名武警和两名司机被打伤。

4月5日21时，那些人的气焰更加嚣张，前来增援的武警部队遭到拦截和袭击，13名战士被打伤，两辆军车玻璃被砸碎。武警下车将他们驱离后，才得以进入乡政府院内。

23时，乘一辆小车前往巴仁乡执行联络任务的4名武警干部和战士，又在乡政府旁边的大桥边遭“东突”骨干分子的拦截，被他们惨无人道地用斧头和长刀活活打死。不久，乘另一辆车执行任务的两名武警战士也惨遭杀害，携带的武器装备均被抢走。

4月6日凌晨，“东突”分子向乡政府大院内投掷了10余枚手榴弹和炸药包，接着开枪扫射，5名武警被打伤。当“东突”分子用炸药包炸开乡政府的3处围墙，准备冲进去时，武警开始进行有克制的反击，正在现场指挥武装暴乱的“东突”头目则丁·玉素莆，被愤怒的武警战士一枪击毙；另一名“东突”分子则在引爆土制手榴弹时被击中，手榴弹炸死3名“东突”分子，还有两名“东突”分子也被击毙。