10月9日，陈云出席中央政治局扩大会议，听取薄一波对十三大人事安排情况所作说明。人事安排，是个比较敏感的话题，尤其是最高领导层的安排，邓小平、陈云、李先念三人早就商议过，他们在十三大时彻底退下来，不再担任中央领导职务，为实现中央领导集体的新老交替作出表率。但中央政治局和党内其他人一致反对，大家的意见，只同意他们“半退”，仍然担任一定的职务。

　　10月19日，由陈云担任第一书记的中纪委在北京召开了十三大前的最后一次全体会议。这次会议后，陈云将不再担任中纪委第一书记。为让大家理解自己的想法，陈云在会上作了说明，他还公布了1986年10月与邓小平、李先念那次秘密谈话的核心内容：“去年10月，小平同志、先念同志和我共同商定，十三大时一起退下来。这是党的事业的需要。”

　　1987年10月25日，中国共产党第十三次全国代表大会在北京人民大会堂开幕。陈云以大会主席团常务委员会成员身份走上主席台……

　　大会的主题报告是《沿着有中国特色的社会主义道路前进》。为了这个报告的起草、修改和定稿，陈云和邓小平、李先念等老一辈革命家花费了大量心血。后来，当代表中共中央作这个报告的中央负责人犯了政治错误时，有人对这个报告也提出一些不同意见。对此，陈云和邓小平、李先念都主张：这个报告，不是哪一个人的，它代表了中央的集体智慧。

　　十三大结束后，陈云和邓小平、李先念一起，退出了中央工作的第一线。由于还不能“全退”，陈云参加了中央顾问委员会的工作。