同时在当代台湾部分，也新增“光复”及“政府迁台”等用词矮化台湾主体，目的是让大中国、大一统史观重新复辟，“难道是马英九为了马习会的伴手礼？”前“国史馆”馆长张炎宪称，“教育部”更改课纲只是要迎合马英九“终极统一”及“一国两区”的想法。

一些绿营人士还把攻击矛头指向负责历史课纲调整的台大教授王晓波。民进党前主席施明德称，王晓波的母亲因为身份问题，在台湾被国民党杀死，王晓波作为后裔，有其特殊的牵系与记忆，“必须质疑马英九为什么同意任命王晓波担任台湾教科书课纲委员会负责人？”

对此，“教育部”主秘王作台否认课纲微调有政治考虑。王晓波1月19日接受媒体采访时称，历来的史家都是称呼“明郑”，原来陈水扁时期的“95课纲”用的也是“明郑”，“这些无知的民进党人，根本没办法跟他讲话”。

他直言，微调课纲只是“要恢复中华民国宪法原则”，“宪法增修条文前言里就讲，增修条文是在国家统一前实施的，当然是终极统一啊”，而且“宪法”里规定“一国两区”，并没有说“一边一国”，“我们台湾人也拥有大陆的主权，绿营人士凭什么让我们放弃啊，这不是出卖台湾人民吗？”

针对绿营指责微调是“去台湾化”，王晓波对《**》说，“我们正好不是”，而是增加台湾化，譬如增加了台湾人参加中国革命的内容，从兴中会、同盟会到中共二万五千里长征，同时增加了台湾人参加抗战的部分，“我们是站在台湾人主体的立场上讲话”。

至于有关施明德对其身世的质疑，王晓波也进行了驳斥，称“我娘是我娘，我是我”，哪有血统论到这种地步的，根本是封建残余，“我是中华民国国民，当然有权利参与课纲”。