但其他像地理、公民等还有很多没有拉下来，其中有很强烈的“一边一国”论述，所以这次微调课纲，除了修改地理、公民等，也把历史和国文重新检视一遍，对一些用词做了进一步调整。譬如地理原来把“中国”和“台湾”并称为两个国家，我们微调成“中国大陆”和“台湾”，把它从“两国化”变成“两区化”。

岛内历史书中的一些用语也将发生改变。课纲委员、佛光大学教授谢大宁称，课纲微调有三个主要方向：错字勘误、内容补正及符合“宪法”，并且全面检视课纲中用语是否符合两岸关系条例，例如在历史及地理科提及“中国”两字，实际上指“两岸人民关系条例”中的“中国大陆”，因此均改称为“中国大陆”。

而且课纲说明中一定要明载“有关中华民国播迁来台”，“这段话非常重要，代表中华民国是播迁来台，否则会变成1949年之后，中国只有中共、中华民国只有在台湾，加这段话也才符合我国宪法”。

据媒体介绍，台湾高中历史课纲草案2010年9月出炉，台湾史、中国史与世界史比例改为1∶1.5∶1.5；如考虑高三选修部分，台湾史、中国史及世界史比例则为1∶2∶3。

绿营质疑马英九此举是在“去台湾化”。民进党“立委”郑丽君称，“教育部”突然微调课纲，包括将“郑氏统治”改为“明郑统治”，并将原先没有的“郑氏政权覆亡的经过”写入课纲，目的是凸显“台湾在郑氏时期也为中国统治”。