到了1864年，沙皇俄国费时尽百年，终于征服了大、中、小三帐哈萨克政权，与中国的西北边界接壤了。沙俄政府乘中国太平天国内乱方息，以武力相威胁，逼迫腐败的清朝政府与其签订了《勘分西北界约记》。

　　约记规定中俄的边界线以常驻卡伦，也就是边界哨卡为标志。而俄国单方面划定的地图，已远远越过了中国的边界卡伦，深入新疆内地。当清朝谈判代表提出异议时，俄国竟出动大军，将孤立无援的清军卡伦一路驱逐到了俄国的主张边界内，蛮横地夺占了中国近44万平方公里土地。

伊犁条约签署

　　《伊犁条约》后，沙俄又陆续和清朝签订了几个勘界议定书，又从中国割去了新疆霍尔果斯河以西3万多平方公里土地。1898年，俄国出兵强行占领了帕米尔高原上的萨雷阔勒岭以西2万多平方公里土地，从中国手中夺去了大部分帕米尔高原，造成了长达百年的帕米尔未定界问题。直到2001年，中国才同塔吉克斯坦签订了边界条约，收回了其中的近2000平方公里土地，其余的就永远脱离了中国版图。

　　1865年，中亚浩罕汗国首领阿古柏侵入新疆，占领了很多地区，准备据为己有。俄国当即以此为借口，出兵占领了新疆伊犁地区，对外称代清朝暂时“管理”，实际上是要和阿古柏共同肢解新疆。清朝这次表现了极大的勇气，派出左宗棠大军前往新疆平定叛乱。经过数年战争，清军终于打垮了阿古柏侵略军，收复了除伊犁外新疆全部地区。