主要的困惑之一在于，为什么会有人劫持一架飞机，然后又在开阔水域上空飞行数小时，而这似乎是可能性最大的情况。周六，马来西亚当局展开了刑事调查，因为他们得知飞机上两个示踪装置的关闭时间存在几分钟的间隔，说明这是蓄意行为，此外，飞机失联后似乎继续飞行了长达七个小时。

美国官员表示，马方宣布开展刑事调查的举动并没有改变他们对形势的看法，因为马方提出的佐证都是外界已在过去一周知晓的东西，几乎没有提供新的证据。

几名美国高级官员认为，恐怖组织是飞机失联事件幕后主使的可能性不大，因为没有组织宣称对此负责。他们表示，情报机构没有发现恐怖分子讨论此类图谋的迹象。一名官员表示，鉴于这一事件缺少传统激进组织的“特征”，如果恐怖分子真是幕后主使的话，“这就跟我们之前遇到的情况都不相同。”

对于马来西亚当局从机长家中带走飞行模拟器的报道，美国官员表示，他们很想知道调查人员发现了什么，也愿意帮助探查计算机，不过，这些官员表示，截至周日下午，他们对马方调查人员的发现知之甚少。

飞机失踪之后的几天里，为了确定到底发生了什么，美国分析人员和执法机构开展了一系列工作。作为这项工作的部分内容，他们对飞行员和两名持失窃护照登机的伊朗乘客进行了关联分析——这是一种以计算机为工具的调查技术，能够以大量的政府和航空公司数据为基础，尝试在个体之间建立联系。此外，有关方面还对这两个伊朗人以及机上两名美国乘客的家庭成员进行了询问。但是官员称，这些工作都没有带来任何指向恐怖主义的发现。