日本领导人参拜靖国神社的实质，是要否认和美化日本军国主义对外侵略和殖民统治历史，挑战二战结果和战后国际秩序。只有做到正视历史、以史为鉴、面向未来，才能改善同亚洲邻国的关系。
马英九在谈到“东海和平倡议”未来展望时，提议就钓鱼岛问题举行三方对话，他说，东海和平倡议不是只为2方或1方设计，是为3方设计，“我们使用的语言都 很小心，并没有强调3国、而是3方”，主要是希望解决问题，而不是只做一些形式上的努力而已；如果能够解决，对3方都是有帮助的。
马英九表示：“我一再呼吁大家要很务实的态度，唯有这样才能够降低紧张的关系、增进双方的合作，并且真正为三方的人民带来安定跟和平。”
马英九与日本首相安倍
对于马英九的提议，日本方面断然予以拒绝。日本政府发言人、内阁官房长官菅义伟6日下午的在例行记者会中被共同社记者问及这一问题，他答复说，“马英九先 生以前就有过这样的发言，这是台湾单方面的主张，但尖阁群岛是日本国有‘领土’，在历史上、国际法上毫无争议，目前也由我国实质控制；我国的基本看法是尖 阁群岛原本就不存在需要解决的问题”。
菅义伟说：“基于此，日本无法接受台湾单方面的主张，但是为维护东海的和平与安定，日本会与周边国家、地区持续具体合作。”
