在被问及怎么看习近平提及“两岸政治分歧问题终归要逐步解决，不能一代传一代”时，马英九指出，他的意思可能是希望能够尽快讨论这些政治分歧问题。
问：您先前主张利用全民公投表决是否签署两岸和平协议，然而公投门槛过高，是否会让对岸认为台方没有诚意？
答：透过公投方式才是真正展现诚意，因为这样做之后，才能成功，否则不管民意，两岸领导人自行签署和平协议，结果民众不赞成，用公投将它废掉，那时多难看。
我们是一个民主“国家”，不能在没有获得多数民意支持的情况下，进行与多数民意不同意见的行为，之后到一个比较成熟的时候，方能水到渠成。
问：台方洽谈两岸和平协议的主体为何？
答：“中华民国”政府及中国大陆分别成立海基会及海协会，透过这两个机构签署协议，就可避免敏感问题，否则双方不承认对方是一个国家，在这个情况下，若要洽谈协议，势必得回避敏感问题，且又能达成安排双方互动的目标。在20年前，我们成立海基会，也是基于这样的想法，目前均运作良好，如果没有这两个机构，双方怎么能签署19项协议，而19项协议中，从未出现双方国家或政府名称，但一样能运作。
