他在接受强调与日本成功签署渔业协议搁置了主权争议。马英九转向“现实主义”路线的背景在于，其在2008年就任台湾地区领导人后采取务实政策在改善两岸关系上取得了成果，自此路线发生转变。
马英九与日本首相安倍晋三交情不浅。2010年10月，当时台北松山机场、东京羽田机场航线开航时，安倍就应邀请搭乘首航班机访台，当时还曾拜会马英九并 接受邀宴。马英九会晤安倍晋三时，强调台日关系愈来愈好，台日高层互动密切。安倍当时访台的时机敏感，正值上一轮中日钓鱼岛事件仍未平息知己，台湾立场微 妙。
去年10月，日本众议员塩崎恭久率团访台，马英九会见日本众议员代表团表示，台湾虽然与日本没有“邦交”，但长久以来关系就非常密切，双方于去年签署投资保障及开放天空两项协议，为双边关系带来正面且显著效益，可见只要努力，台日在众多领域的关系还可进一步提升。
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据台湾媒体报道，“台日渔业委员会”预备会议5月1日和2日在东京举行，双方将就委员会未来运作及“台日”渔业协议适用海域作业问题等议题进行磋商。今年 4月10日，始于1996年并在2009年2月后中断长达4年之久的“台日渔业协议”谈判，以日方作出重大让步而签署。在中日关系因钓鱼岛问题而陷入僵局 的背景下，日本首相安倍晋三借此分化两岸的意图可谓司马昭之心路人皆知。安倍打出台湾这张牌，和他本人及安倍家族与台湾的历史渊源及其“台湾情结”是分不开的。
