中国在南海的主张已经在一定程度上陷入了外交与法律困境。其具有历史意义的“九段线”声誉不佳，模棱两可，其他声索国将其解读为中国的“国界”，
2月8日，菲律宾总统拉莫斯就此事发表讲话，声称菲律宾政府已通过了一份措词强硬的“备忘录”，对中国军舰出现在美济礁提出抗议。他指控中国军舰“侵入”菲律宾声称拥有主权的南沙海域，并在菲律宾“所属”的美济礁建造军事设施。谴责中国的行动是“违反国际法和1992年马尼拉东盟会议有关南中国海宣言的精神与要旨”。
1998年11月，菲律宾侦察机拍到的，向美济礁运输物资的“琼运936”号货船。
菲国防部出示一些中国军舰在美济礁附近的照片，其中包括一艘玉勘级两栖登陆舰和一艘大志级潜艇支援船。
另外，菲还出示一些照片显示，中国在美济礁上建造了4个建筑群，每个建筑群都有钢筋支撑(按我们现在的叫法就是第二代高脚屋)，因为美济礁会在长潮时被海水淹没。当时，我国先后在美济礁4个方向共修建了13座2代高脚屋，这种高脚屋已经具备基本防守能力。
对于菲律宾政府的这些指控，中国外交部发言人陈健解释说，中国在美济礁上的建筑，是“为了保护在南沙海域作业的渔民的生命安全，是一种生产设施”，“中国方面从无拘留，也无逮捕任何菲律宾船只，也没有在美济礁上建立任何军事基地”。
